(1) odabir opreme. Postoje neki problemi pri odabiru farmaceutske opreme, kao što su odabir na temelju iskustva (bez stvarnog izračuna ili nedovoljnog izračuna podataka), slijepa težnja za napretkom i nedovoljno istraživanje fizičkih podataka, što ozbiljno utječe na praktičnost i ekonomičnost opreme.

(2) ugradnja opreme i obuka. U procesu ugradnje farmaceutske opreme često se posvećuje pozornost napretku izgradnje, zanemarujući kvalitetu izgradnje, što dovodi do povećanja troškova održavanja opreme u kasnijem razdoblju. Osim toga, neadekvatna obuka osoblja za održavanje i rad opreme također predstavlja rizik za upravljanje i održavanje farmaceutske opreme.

(3) nedovoljna ulaganja u upravljanje i održavanje informatizacije. Iako danas mnoga poduzeća pridaju veliku važnost upravljanju i održavanju opreme, kao i upravljanju evidencijom održavanja opreme i bilježenju osnovnih parametara, neki problemi i dalje postoje, kao što su teškoće u pružanju kontinuiranih podataka o održavanju, nedostatak učinkovitih informacija o specifikacijama farmaceutske opreme, kao što su specifikacije, crteži itd., što nevidljivo povećava teškoće upravljanja, održavanja i rekonstrukcije opreme.

(4) sustav upravljanja. Nedostatak učinkovitog sustava i metoda upravljanja rezultira nedostatnim upravljanjem osobljem za održavanje farmaceutske opreme, nedostatkom standardizacije rada osoblja za održavanje, što dovodi do skrivenih sigurnosnih opasnosti u upravljanju farmaceutskom opremom i procesima održavanja.