(1) izbor opreme.Postoje neki problemi u odabiru farmaceutske opreme, kao što je odabir na temelju iskustva (bez stvarnog izračuna ili proračuna s nedostatkom podataka), slijepa potraga za napredovanjem i nedovoljno istraživanje fizičkih podataka, što ozbiljno utječe na praktičnost i ekonomičnost opreme.

(2) instalacija opreme i obuka.U procesu ugradnje farmaceutske opreme često se vodi računa o napretku konstrukcije, zanemarujući kvalitetu gradnje, što dovodi do povećanja troškova održavanja opreme u kasnijem razdoblju.Osim toga, neadekvatna obuka osoblja za održavanje i rukovanje opremom također predstavlja rizik za upravljanje i održavanje farmaceutske opreme.

(3) nedovoljna ulaganja u upravljanje i održavanje informatizacije.U današnje vrijeme, iako mnoga poduzeća pridaju veliku važnost upravljanju opremom i održavanju, kao i upravljanju zapisima o održavanju opreme i evidenciji osnovnih parametara i neki su načinjeni, ali neki problemi još uvijek postoje, kao što je teško osigurati kontinuirane podatke o održavanju, nedostatak učinkovitog informacije o specifikacijama farmaceutske opreme, kao što su specifikacije, crteži itd., ovo nevidljivo povećava poteškoće u upravljanju opremom, održavanju i rekonstrukciji.

(4) sustav upravljanja.Nedostatak učinkovitog sustava i metoda upravljanja, što rezultira nedostatkom upravljanja osobljem za održavanje farmaceutske opreme, nedostatkom standardizacije rada osoblja za održavanje, upravljanjem farmaceutskom opremom i procesom održavanja ostavljajući sigurnosne skrivene opasnosti.